국가균형발전을 위해서 수도권에 있는 공공기관 중 일부를 지방으로 이전시키고, 혁신여건을 갖춘 수준 높은 정주환경을 갖춘 혁신도시를 건설하기 위한 사업이 혁신도시개발사업이다. 전국 10개 혁신도시개발사업 대부분이 완료되었고, 공공기관 이전도 마무리 단계에 이르렀다. 혁신도시는 대체로 농지 등 미개발 토지를 중심으로 조성되었고, 이로 인해서 사업시행자인 한국토지주택공사 등은 천문학적인 개발이익을 차지하게 되었다. 지방자치단체장이 혁신도시개발사업에 대한 개발부담금을 부과하자, 위 사업시행자들은 혁신도시개발사업이 개발이익환수법령에 개발부담금 부과 대상으로 열거되어 있지 않는다는 이유로 취소소송을 제기하였다.

이에 대하여 하급심 법원은 혁신도시법에 따라 택지개발촉진법 상의 인·허가가 의제되므로 혁신도시개발사업은 개발부담금 부과 대상에 해당한다고 판단하였다.

반면, 대법원은 개발이익환수법령과 혁신도시법을 종합적으로 해석하여 혁신도시개발사업이 개발이익환수법령에서 정한 개발부담금 부과 대상사업에 직접 포섭된다고 보았다. 그러나 이에 대하여는 개발이익환수법 시행령 제4조 [별표 1] 제10호 ‘그 밖의 법률’ 부분에 관한 문리해석의 한계를 벗어났다는 비판이 가능하다.

한편, 대상판결은 인·허가가 의제된 경우 의제되는 인·허가를 규율하는 법률규정의 적용 여부는 개별적으로 판단되어야 함을 명확히 하고 있다. 그런데 판례나 행정기본법 등은 그 판단기준을 제시하지 않고 있으므로 이 부분은 여전히 해석론에 맡겨져 있다. 생각건대, 실체집중부정설과 행정기본법 등 법률이 정한 인·허가의제의 기준, 법적용의 통일성 등에 비추어, 인·허가가 의제된 경우 의제되는 인·허가를 규율하는 부담금 등 법률규정은 원칙적으로 적용되지만, 그 적용이 구체적 타당성이나 국민의 예측가능성을 침해한다고 인정되는 경우에는 이를 부정해야 한다고 생각한다. 혁신도시개발사업의 경우 혁신도시법에 의하여 택지개발촉진법 등의 인·허가가 의제되었고, 특별히 구체적 타당성이나 예측가능성의 침해 문제도 없으므로 개발부담금 부과 대상 사업에 해당한다고 할 수 있다.

이러한 점들을 고려하면, 대상판결의 결론에는 동의하지만 대상판결이 인․허가의제의 효과를 논거로 삼지 않은 것에 대하여는 아쉬움이 남는다.