대법원 2018. 10. 30 선고 2014다235189 전원합의체 판결에서 다수의견은 장기계속공사의 경우 총공사기간은 각 연차별 계약의 체결에 따라 연동되는 것으로 이에 대한 법적 구속력이 없기 때문에 총공사기간의 연장을 이유로 한 계약금액의 증액을 인정할 수 없다고 판단하였다.

이에 비하여 소수의견은 총괄계약의 연장에 대하여 계약금액 조정신청이 불가능하다고 볼 경우, 계약상대자는 총 공사기간의 연장에 따른 계약금액의 조정을 받을 수 있는 기회 자체를 박탈당하게 되기 때문에 총괄계약의 독립성을 인정하여야 한다고 판단하였다.

장기계속공사계약은 공사계약의 실질적 목적은 총괄계약으로 실현되고, 연차별 계약은 예산사정에 따라 기술적･편의적으로 하나의 계약을 수개의 차수로 분리한 것에 불과하다.

특히, 발주자의 책임 있는 사유로 연차별 계약의 공백기 또는 연차별 계약의 공사기간 연장이 발생함에도 발주자는 다음 연차별 계약에 해당 공사비용을 포함하는 방법으로 연차별 계약을 추가, 총공사기간을 연장하는 사례가 발생할 수 있다. 이 경우 총괄계약의 효력을 부정한다면 계약상대자는 계약금액의 조정 신청이 불가능하게 되어 간접공사비를 일방적으로 부담할 수 밖에 없다.

이에 따라 장기계속공사계약의 집행기준 및 공사기간 연장에 따른 간접비 지급의 경우 총괄계약도 장기계속공사계약의 집행기준으로 적용하고, 추가 간접비가 발생하는 경우에는 계약금액 조정의 법리에 따라 발주기관이 추가 간접비를 지급하도록 하여야 한다. 이를 위하여 국가 및 지방자치단체는 “국가계약법 시행령” 및 “지방계약법 시행령”, (계약예규)｢공사계약일반조건｣등 하위 규칙을 개정하여 계약금액의 조정에 대한 집행기준으로 총괄계약을 규정하고, 계약상대방의 귀책이 아님에도 불구하고 공사기간의 연장이 발생하는 경우 발주기간이 추가 간접비를 지급할 수 있는 법적 근거를 마련하여야 한다.

또한, 행정조달계약은 재원(財源) 조달의 성격, 담당 공무원의 통제 문제, 사법상 계약과 다른 특수성 등이 있기 때문에 공법상 계약으로 보아야 한다.

따라서 장기계속공사계약은 공법상 계약으로 보아야 하며, 장기계속공사계약의 현실을 파악하기 위하여 ｢행정소송법｣상 당사자소송으로 해결하여야 한다. 당사자소송은 성질상 행정소송이지만 편의상 민사소송으로 다루어진 행정사건을 전문성, 특수성을 토대로 판단하여 국민의 권리구제에 기여할 수 있다. 이를 위하여 장기계속공사계약이 당사자소송의 대상으로 적용되기 위한 구체적인 논의와 함께 ｢행정소송법｣ 개정안이 마련될 필요가 있다.