2000년대 이후 구제역 등 가축전염병 발생 소식이 들리면 어김없이 이어서 후속 조치이거나 혹은 선제적 조치 차원에서 가축살처분이 집행되어왔다. 이러한 가축살처분의 법적 근거는 ｢가축전염병 예방법｣에 규정되어 있다. ｢가축전염병 예방법｣ 제20조 제1항은 제1종 가축전염병인 구제역 등에 전염된 것이 확실하거나 전염되었다고 믿을만한 경우 반드시 살처분을 하도록 규정하고 있다. 이는 이른바 ‘일반적 살처분’으로서 질병에 걸린 것이 거의 확실한 경우에 행해지는 대응방식이다. 그리고 동법 제20조 제1항 단서는 구제역 등의 가축전염병이 퍼지거나 퍼질 것으로 우려되는 지역에 있는 가축의 소유자에게 지체 없이 살처분을 명할 수 있고 규정하고 있는데, 이것이 이른바 ‘예방적 살처분’이다. 질병이 발생한 장소에서 3km이내에 있는 가축에 대해 질병이 전염되었는지에 대한 여부를 고려하지 않은 채 전파가능성과 위해성 차단을 위해서 피해발생의 위험 ‘우려’에 주안점을 두어 선제적으로 위험을 예방하기 위한 대응방식이다. 살처분에 대한 많은 비판은 바로 이러한 예방적 살처분의 방식에 기인한다. 산이나 계곡·하천 등의 지리적·지형적인 특성 및 동물복지 농장인지의 여부 등 역학적인 특성들을 고려하지 않고 반경 3km이내에 해당하는 경우를 모두 우려지역으로 간주하여 살처분 대상으로 편입하는 것이 명확성 원칙에도 위배될 수 있어 상당히 우려스럽다. 또한 이러한 살처분을 규정하고 있는 ｢가축전염병 예방법｣ 조항에 따르면, 예방적 살처분은 제1종 가축전염병에 대해서만 적용되며 제2종 가축전염병에 대해서는 일반적 살처분만 가능하므로 제2종 가축전염병에 대해 예방적 살처분은 법해석상 불가능하다. 한 조문에 일반적 살처분과 예방적 살처분을 두는 방식보다는, 두 방식을 각각 명확히 구분하여 규정하는 개정이 필요하다.

한편 가축 살처분 집행시 정당한 보상이 이루어지고 있는지 살펴본다. 가축을 살처분한 경우 질병의 종류, 전염별 발병 최초 신고 여부, 무항생제 축산농가인지의 여부, 살처분 명령 이행 지역 시간 등에 비례하여 차등하여 차감보상하도록 규정하고 있다. 방역노력을 다한 경우에도 최초 신고자 또는 무항생제 축산농가가 아니라는 이유로 차감 보상될 수 있으므로 완전 보상원칙에 부합하지 않을 수 있다. 또 예방적 살처분에 대한 정당성이 우려되는 상황에서, 살처분 명령을 즉시 이행하지 아니한 채 명령의 부당함을 법적으로 다투는 등의 정당한 이유가 있음에도 명령 불이행을 이유로 차감보상하는 것은 예방적 살처분에 관한 규정의 명확성의 원칙, 과잉금지원칙에 반할 소지가 있다.